Sultan Abu Bakar membahagikan negeri kepada dua jajahan dan melantik Wakil Rasmi untuk mengurusnya. Jajahan Barat yang mengandungi kawasan Muar, Batu Pahat dan Johor Bahru ditadbir oleh paduka adindanya Ungku Abdul Majid Ibni Daeng Ibrahim, manakala jajahan Timur yang mengandungi kawasan Segamat dan pantai timur ditadbir oleh Ungku Abdullah Ibni Temenggong Ibrahim.
Pentadbiran Johor
Pecahan Pemerintahan Mengikut Persempadanan
Sistem Residensi
Sistem Residensi menyaksikan empat jajahan ini dibahagikan kepada 13 kawasan yang ditadbir setiap satunya oleh seorang Pesuruhjaya Negeri (State Commissioner). Dua kawasan yang terpencil di sebelah Barat, di tepi pantai dan pulau-pulau di sebelah Timur ditadbir oleh Penggawa. Pesuruhjaya Negeri dan Penggawa bertanggungjawab kepada Ketua Pesuruhjaya Negeri yang berpejabat di Johor Bahru.
Persempadanan Sepuluh Daerah
Pentadbiran Johor moden mengalami perubahan selepas menerima pelantikan Penasihat Am British pada tahun 1914. Ia menyaksikan sistem residensi bertukar kepada daerah yang bertujuan menambahkan kecekapan pengurusan dan menentukan sistem penyampaian dan pelaksanaan dipercepat. Sebanyak lapan buah daerah ditubuhkan, iaitu Johor Bahru, Muar, Batu Pahat, Segamat, Kluang, Pontian, Kota Tinggi dan Mersing.
Selain itu, terdapat empat Daerah Kecil, iaitu Daerah Kecil Kulai di bawah tadbir Pegawai Daerah Johor Bahru, Daerah Kecil Tangkak di bawah tadbir Pegawai Daerah Muar, Daerah Kecil Labis di bawah tadbir Pegawai Daerah Segamat, Daerah Kecil Rengit di bawah tadbir Pegawai Daerah Batu Pahat dan Daerah Kecil Pengerang di bawah tadbir Pegawai Daerah Kota Tinggi. Pada tahun 2008, Daerah Kecil Tangkak dan Kulai dinaiktaraf dan dimasyhurkan sebagai daerah penuh.
*Sila klik di daerah untuk maklumat terperinci
Peta sempadan daerah negeri Johor
Pegawai Daerah
Setiap daerah ditadbir oleh seorang Pegawai Daerah yang dilantik oleh kerajaan daripada kalangan pegawai Perkhidmatan Tadbir Negeri Johor (PTNJ) yang dianggotai keseluruhannya oleh pegawai-pegawai Melayu anak Johor. Pegawai Daerah ialah Wakil Raja dalam semua urusan.
Pegawai Daerah bertanggungjawab kepada Setiausaha Kerajaan. Jawatan Setiausaha Kerajaan diwujudkan pada tahun 1895 dan penjawatnya hendaklah seorang pegawai Melayu rakyat Johor daripada Perkhidmatan Tadbir Negeri. Dato’ Sri Amar DiRaja Abdul Rahman Andak merupakan Setiausaha Kerajaan Johor yang pertama.
Pihak Berkuasa Tempatan
Bagi tujuan pengurusan perkhidmatan di kawasan bandar, sistem pentadbiran kerajaan tempatan dilaksanakan. Pihak Berkuasa Tempatan ditubuhkan di setiap daerah. Pada masa kini, terdapat 16 Pihak Berkuasa Tempatan di negeri Johor sepertimana dalam peta berikut:
*Sila klik di PBT untuk maklumat
Peta sempadan Pihak Berkuasa Tempatan negeri Johor.
Sistem Penghulu
Sultan Abu Bakar menerapkan budaya kepimpinan orang Jawa yang mengurus kelompok masyarakat mereka melalui sistem penghulu. Baginda melantik pemimpin yang berkebolehan dalam kalangan masyarakat Jawa menjadi penghulu di setiap mukim. Mereka berperanan sebagai ketua dan pemimpin dalam menentukan taraf hidup, muhibah dan perpaduan dalam kalangan masyarakat.
Antara mereka yang berkebolehan pula diangkat sebagai Penghulu Besar dan Orang Kaya. Sebagai menghormati dan memuliakan serta menghargai jasa mereka, Sultan Abu Bakar memasukkan Penghulu-penghulu Besar dan Orang-orang Kaya sebagai Ahli Jumaah Pangkuan Negeri di bawah Fasal 1 Bahagian Pertama UUTKJ dalam hal pemilihan dan pengesahan Waris menjadi Raja.
Penghulu
Setiap daerah dibahagikan kepada mukim yang diketuai oleh seorang Penghulu yang bertanggungjawab kepada Pegawai Daerah. Pada masa kini, terdapat 628 Ketua Kampung daripada 667 pengisian jawatan Ketua Kampung negeri Johor dan 102 Penghulu daripada 106 pengisian jawatan Penghulu Negeri Johor.
Ketua Kampung
Setiap mukim dibahagikan kepada beberapa kampung yang diuruskan oleh Ketua Kampung yang bertanggungjawab kepada Penghulu. Terdapat 680 jawatan Ketua Kampung pada masa ini.
Kerajaan Demokratik
Strategi Pertama
Strategi pertama yang dilaksanakan oleh Sultan Abu Bakar bagi mengekang hasrat British adalah dengan mengadakan reformasi dalaman yang menambah baik kecekapan pengurusan kerajaan. Baginda menambahkan pejabat kerajaan untuk memberi perkhidmatan dan kesejahteraan kepada rakyat serta membangunkan ekonomi. Pada tahun 1873, baginda menubuhkan sebuah Majlis Menteri (Council of Ministers) yang dianggotai oleh 12 orang cendekiawan Melayu yang mempunyai kuasa eksekutif bagi membolehkan baginda menerima pandangan, syor dan nasihat daripada Ahli-ahlinya untuk bersama-sama mentadbir negeri.
Pada masa yang sama, Sultan Abu Bakar menubuhkan Majlis Negeri (State Council) yang dianggotai oleh 34 Ahli (termasuk 12 Ahli Majlis Menteri) daripada kalangan orang Melayu, dan 2 orang Cina iaitu Mejar Cina Tan Hiok Nee (Kangcu Tebrau) dan Kapitan Cina Seah Theng Hye (Kangcu Sekudai) yang mewakili masyarakat Cina supaya mereka tidak dipinggirkan.
Majlis Menteri dan Majlis Negeri
Majlis Menteri dan Majlis Negeri merupakan forum yang membolehkan ahli-ahlinya berbincang serta menggubal undang-undang dan peraturan tanpa diganggu-gugat oleh pihak luar. Kebanyakan Ahli Jumaah Menteri adalah sebaya dengan Sultan Abu Bakar semasa belajar di Kolej Keasberry. Mereka kemudian dimuliakan dengan gelaran jawatan seperti Dato’ Menteri (Besar) Jaafar Muhammad, Dato’ Bentara Luar Mohammed Salleh bin Perang, Dato’ Bentara Dalam Ibrahim Abdullah Munshi dan lain-lain.
Jumaah Menteri dibantu oleh sebuah urus setia yang dianggotai oleh pegawai-pegawai Melayu yang berwibawa dan diketuai oleh seorang Setiausaha Kerajaan. Pada tahun 1895, Dato’ Sri Amar Diraja Dato’ Abdul Rahman Andak pernah dihantar ke England oleh Sultan Abu Bakar untuk menyambung pelajaran. Akhirnya beliau dilantik sebagai Setiausaha Kerajaan yang pertama. Penubuhan Majlis Menteri dan Majlis Negeri merupakan titik permulaan pentadbiran Negeri Johor secara demokratik.
Strategi Kedua
Strategi kedua yang dilaksanakan oleh Sultan Abu Bakar bagi mengekang hasrat British adalah menubuhkan Lembaga Penasihat Johor (Johor Advisory Board) di London pada tahun 1885. Lembaga ini dianggotai mantan Jemaah Menteri dan pegawai-pegawai tinggi British yang berpengaruh. Melalui Lembaga Penasihat ini, baginda mendapat nasihat, pandangan dan strategi penaklukan British secara tidak langsung tanpa berunding dengan kerajaan British yang mungkin mengenakan beberapa syarat termasuk campur tangan dalam hal-hal pentadbiran.
Walaupun British berjaya campur tangan dalam pentadbiran kerajaan Johor pada tahun 1914, Sultan Sir Ibrahim tetap mempertahankan dan mengukuhkan ketuanan negeri dengan mensyaratkan pelantikan Penasihat Am (bukan British Resident Advisor seperti di negeri lain). Baginda juga menetapkan pegawai-pegawai British memakai uniform Johor, pegawai Melayu mendapat hak dan kemudahan yang sama dengan pegawai British, bendera British tidak dibenarkan dikibar, Menteri Besar dan MMK dikekalkan pelantikan pada kuasa raja, Askar Timbalan Setia Negeri dikekalkan, bahasa Melayu dikekalkan sebagai bahasa rasmi dan tulisan Jawi dikekalkan dalam urusan kerajaan.
Undang-undang Tubuh Kerajaan Johor
Sistem pentadbiran yang demokratik diperkasakan dengan pemasyhuran Undang-undang Tubuh Kerajaan Johor pada 14 April 1895. Undang-undang ini berdasarkan undang-undang kekeluargaan Islam dan sistem feudal, pemerkasaan keabsahan institusi raja, peraturan pewarisan takhta, pengukuhan kuasa raja dan kuasa pentadbiran. Negeri Johor merupakan negeri pertama yang mendahului negeri-negeri lain dalam mengadakan perlembagaan bertulis. Deraf asal yang dihasilkan oleh Majlis Jumaah Menteri yang digubal dalam bahasa Melayu tulisan Jawi, kemudiannya ditulis dalam Rumi dan diterjemahkan ke dalam bahasa Inggeris.
Tujuan utama Sultan Abu Bakar memaktubkan undang-undang ini adalah untuk menentukan ketuanan tahkta dan Kerajaan Johor kekal dalam tangan keturunan baginda. Tujuan kedua adalah untuk menjadikan undang-undang ini sebagai benteng kukuh bagi mempertahankan kedaulatan dan kemerdekaan Johor. Fasal 15 dan 16 dimaktubkan yang melarang Raja atau Jumaah Menteri atau seorang ahlinya daripada melupuskan dan menyerahkan negeri atau sebahagian negeri Johor kepada kuasa-kuasa luar. Sultan Abu Bakar berjaya berbuat demikian selama 33 tahun.